Cuối phần trước, Gordon Freeman và Alyx Vance đã phá huỷ được cánh cổng dịch chuyển của tiến sĩ Breen, ngăn ông ta chạy trốn đến hang ổ của lũ Combine. Khi cánh cổng bị phá huỷ, một vụ nổ năng lượng tối xảy ra và G Man bí ẩn lại xuất hiện, định đưa anh chàng tiến sĩ vật lý của chúng ta vào trạng thái ngủ đông một lần nữa.
Điều gì sẽ xảy đến với Gordon và Alyx? City 17 và các cư dân trong thành phố sẽ gặp phải chuyện gì? Mời các bạn tiếp tục cuộc hành trình của họ trong Half-Life 2: Episode One.